يعتبر سماحة الشيخ اليعقوبي أول من عمل على تحويل المرجعية إلى كيان مؤسساتي حقيقي تبقى محافظة على ديمومتها حتى بعد غياب شخصه بلطف الله تبارك وتعالى ولم يقف عند حدود مرجعية ترعى مؤسسات حيث يقف المرجع على قمة هذه المؤسسة ويرتبط به مباشرة مكتبه الذي يدير من خلاله الشؤون التقليدية للمرجعية و توزيع المخصصات المالية و إصدار و نشر كتب سماحته والمكتب الاعلامي للمرجعية و تنظيم اللقاءات اليومية العامة بالناس و إصدار صحيفة (الصادقين) التي تنشر احاديث سماحة الشيخ اليعقوبي وفتاواه و مواقفه وخطاباته.